Корень "He" - секретное подразделение Конохагакуре, основанное Шимурой Данзо. В то время как Хокаге Хирузен заправлял обычным корпусом АНБУ, его друг детства Данзо создал свою группировку, штаб которой располагался под землёй. Каждого из своих подчинённых он тщательно отбирал, проверял и упорно тренировал, заставляя подавлять эмоции. Своим подчиненным Шимура проповедовал: " - Проявление чувств ведёт к ненависти... А ненависть - ведет к войне..."
Корень выполнял различные задания ради защиты деревни, используя все возможные методы. С целью сохранить секреты Корня, Данзо установил проклятую печать на язык каждого члена группировки. Печать не позволяла рассказать что-либо о секретах Корня и секретах самого Данзо.


После смерти Данзо проклятая печать исчезла, а группировка была распущена. Однако старейшины деревни настояли на том, чтобы ресурсы и штаб Корня продолжили использоваться в целях защиты деревни. Потому некая доверенная организация была возвращена в Коноху по приказу Хокаге. В течении нескольких лет члены этой организации странствовали по миру собирая информацию, однако о самой организации практически ничего неизвестно. Спустя несколько месяцев после их прибытия, моральные устои и методы работы Корня были полностью пересмотрены и согласованы со старейшинами и новым Главой Корня.

Отныне Корень подчиняется только Хокаге и выполняет задания во благо Конохагакуре... следуя воле огня!